Lydia non si trasforma in licantropo perché è immune, ma il morso di Peter Hale ha comunque lasciato il segno. Peter, infatti, comparendo nei sogni e nelle visioni di Lydia, riuscirà a persuaderla a resuscitare il suo corpo. Intanto durante il funerale di Kate Argent compare il nonno di Allison (il padre di Chris), Gerard.

Derek si crea un branco formato dai tre studenti Isaac Lahey, Erica Reyes e Boyd e si allea con Scott per sconfiggere il Kanima, una bestia che continua ad uccidere persone. Con l'aiuto di Allison si scopre che il Kanima è Jackson e che la bestia cerca un padrone che gli dica le vittime da uccidere. Anche gli Argent scoprono la nuova bestia assassina e, con l'aiuto di Gerard, il nonno di Allison, attuano vari piani per ucciderla. Scott riesce a scoprire chi controlla il Kanima: Matt, il quale era stato vittima di un annegamento nel 2006: la squadra di nuoto lo aveva lanciato nella piscina e lui non sapeva nuotare, per questo motivo ha fatto uccidere i membri della squadra di nuoto dal Kanima. Scott e Derek vogliono occuparsi di entrambi, ma Gerard persuade in privato Scott a lasciare a lui il compito di uccidere Matt e il Kanima, dicendogli che in quel momento i suoi amici avevano un grande bisogno di lui. Gerard voleva uccidere Matt per prendere il controllo del Kanima e poter così curarsi dal tumore(si sarebbe fatto mordere da Derek visto che un lupo mannaro sopravvive al tumore); a sentire la conversazione, però, c'è Derek, che si stupisce del comportamento di Scott. Gerard porta Matt in un fiume e lo annega. Ad assistere alla scena c'è Peter Hale, che rimane sbalordito quando Gerard tende la mano al Kanima, diventando il suo nuovo padrone.

Derek morde Victoria Argent, che stava cercando di uccidere Scott. Non potendo accettare di vivere da licantropo, la donna chiede aiuto al marito Chris affinché la pugnali. Quando la notizia della sua morte giunge ad Allison, la ragazza reagisce con dolore e prende una grande decisione, sobillata da nonno Gerard: vuole vendicare la morte di sua madre uccidendo Derek. Allison cattura Boyd ed Erica e li consegna a Gerard. Quest'ultimo fa si che Jackson si suicidi così da rinascere in una fase più avanzata del Kanima e con l'aiuto di Allison riesce a catturare Derek. Con il lupo mannaro ci sono anche Scott, Chris (che si è ribellato a suo padre) e Peter. Gerard svela a tutti il suo piano: ha intenzione di trasformarsi in licantropo poiché sta per morire di cancro. Con l'aiuto di Scott, Gerard viene morso. Scott, però, aveva scambiato le pillole per il cancro di Gerard con delle pillole al sorbo che rigettano il morso di licantropo. In agonia, l'anziano Gerard, ordina a Jackson di uccidere tutti i presenti, ma in quel momento arrivano Stiles e Lydia. Quest'ultima mostra a Jackson la chiave di casa sua, portando il ragazzo a ricondare di avergliela data la prima volta che avevano fatto sesso. In quel momento di debolezza, Derek e Peter uccidono Jackson, facendo scomparire il suo lato Kanima. Il ragazzo è a terra, ma dopo un po' rinasce da lupo mannaro con gli occhi blu. La stagione finisce con Derek, il suo branco, Peter e Scott che scoprono che un branco di alpha è in città.