Isaac è privo di sensi e viene salvato da una ragazza in moto. I due vengono inseguiti da due licantropi gemelli che cercano di colpirli, ma la ragazza riesce a risolvere la situazione. Scott si fa fare un tatuaggio come premio per i 18 anni e per non aver chiamato Allison per tutta l'estate, ma quando sale sull'auto di Stiles, le due due bande nere, rappresentanti una ferita aperta per il dolore che ha provato non potendo parlare con Allison, scompaiono e la sua pelle si rigenera, eliminando il tatuaggio. Allison e Lydia sono in in auto e stanno andando ad un appuntamento a quattro. Quando raggiungono un semaforo rosso, vengono affiancate dalla jeep di Stiles e Scott rivede Allison. Stiles cerca di attirare l'attenzione delle due ragazze, e quando Allison si accorge dei due dice a Lydia di continuare ed ignorare il semaforo rosso. In quel momento, un cervo terrorizzato si schianta sul parabrezza dell'auto di Lydia spaventando le due ragazze. Scott e Stiles accorno subito in aiuto e si assicurano che Lydia ed Allison stiano bene. Il giorno dopo i ragazzi si preparano per il primo giorno di scuola dell'ultimo anno di liceo. Scott è cambiato e si è impegnato molto durante l'estate per diventare un bravo come studente e un bravo figlio. Allison é preoccupata di rivedere Scott, ma va comunque a scuola con Lydia, mentre Stiles continua a fare ricerche sull'attacco del cervo della sera prima. Alla prima ora i ragazzi vengono accolti con un SMS della nuova professoressa che li intima a spegnere tutti i dispositivi. Scott viene chiamato in ospedale da sua madre Melissa che lo informa della situazione di Isaac. All'ospedale Scott ha uno scontro con un alfa, ma viene salvato da Derek. In classe, durante la lezione, un enorme stormo di corvi, terrorizzati e quasi impazziti come il cervo, si gettano contro le finestre dell'aula creando grande scompiglio. Derek pensa che gli strani eventi che stanno accadendo siano causati dall'arrivo degli Alfa. La ragazza che aveva salvato Isaac viene massacrata dal capobranco degli Alfa, un uomo chiamato Deucalion. Dopo aver rifatto il tatuaggio in modo permanente a Scott, Derek spiega al ragazzo la presenza di un branco di Alfa e gli dice che Boyd ed Erica sono stati catturati.